В качестве основных версий убийства выступали конспирологические теории, в том числе и заговор американских или же советских спецслужб, кубинских революционеров и мафии. Одним из возможных организаторов убийства Джона Кеннеди по-прежнему считают мафиози. Мотивом вполне могла стать месть за преследование группировок, которое только усилилось в период правления Джона Кеннеди и нахождения у власти его брата Роберта. К сожалению, о реформе условий труда можно было забыть.
После гибели президента в прессу начали просачиваться сведения о близких связях клана Кеннеди с мафией, которая якобы финансово помогла Джону выиграть выборы. Также указывалось, что роль связного в общении с представителями преступного мира взял на себя певец Фрэнк Синатра.
В качестве главных доказательств этой теории были представлены записи совещаний лидеров различных преступных группировок, на которых обсуждались вопросы общенационального значения. На этих самых совещаниях время от времени поднимался вопрос, касающийся ликвидации Джона и Роберта Кеннеди, однако до претворения плана в жизнь дело ни разу не дошло. Однако комиссия сочла вполне вероятным, что кто-то из криминальных авторитетов все же мог самостоятельно организовать убийство.
